Особый режим действует в акватории Калининградского залива — южнее условной линии мыс Острый — устье реки Мамоновка, а также в Куршском заливе — севернее линии мыс Крюк — устье реки Рыбное. В этих районах запрещены рыбалка, погружения с аквалангом и любая хозяйственная деятельность без соответствующего разрешения. Кроме того, находиться на воде запрещено в пределах двух морских миль от государственной границы, такие же ограничения распространяются и на Калининградский морской канал.

Ограничения введены для обеспечения пограничной безопасности и действуют на основании федеральных правил пограничного режима и региональных нормативных актов. За нарушение требований предусмотрена административная ответственность, а в отдельных случаях — конфискация маломерного судна.